Πολυάριθμα μοναστήρια βρίσκονται διάσπαρτα στην περιοχή της Βόρειας Πίνδου και εντοπίζονται κυρίως σε σημεία εκτός των οικισμών με εξαιρετική θέα. Τα παλαιότερα εξ αυτών ανάγονται στην εποχή του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Δ’ Πωγωνάτου και είναι η Ιερά Μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου Βοτσάς (672) στο Γρεβενίτι και η Ιερά Μονή Μεταμόρφωσης του Σωτήρος στην Κλειδωνιά.
Τα περισσότερα από τα μοναστήρια αποτελούσαν πολύ σημαντικά κέντρα θρησκευτικού, κοινωνικού, πολιτιστικού, εκπαιδευτικού και οικονομικού χαρακτήρα για την περιοχή. Παρουσιάζουν αξιόλογα δείγματα αρχιτεκτονικής, τοιχογραφιών και ξυλογλυπτικής όμως δυστυχώς τα περισσότερα είναι ανενεργά.
Σήμερα στην περιοχή του Εθνικού Πάρκου Βόρειας Πίνδου παραμένουν ενεργά και επισκέψιμα, στο Ζαγόρι, η Ιερά Μονή Ευαγγελίστριας στα Άνω Πεδινά και η Ιερά Μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου (Βοτσάς) στο Γρεβενίτι. Η Ιερά Μονή Παναγίας Στομίου στην Κόνιτσα και η Ιερά Μονή Αγ. Αθανασίου Γόργιανης στα Γρεβενά.
Ορισμένα από τα θρησκευτικά μνημεία ανά περιοχή του Εθνικού Πάρκου είναι:
Περιοχή Ζαγορίου
1. Ι. Μ. Αγ. Ιωάννη Ρογκοβού στο Τσεπέλοβο, φαράγγι Βικάκι (1028-1034)
2. Ι. Μ. Αγ. Παρασκευής στο Μονοδένδρι, χαράδρα του Βίκου (1412)
3. Ι. Μ. Προφήτη Ηλία στη Βίτσα (1400)
4. Ι. Μ. Κοίμηση Θεοτόκου στη Βοτσά, στον ποταμό Βάρδα (Γρεβενίτι, 7ος αι.)
5. Ι. Μ. Κοίμησης Θεοτόκου Βισσικού στον Ζαγορίτικο, κοιλάδα του ποταμού Ζαγορίτικου (Καλουτά,1114, 1787)
6. Ι. Μ. Παναγιάς Σπηλιώτισσας στην Αρίστη, Βοϊδομάτης (1597)
7. Ι. Μ. Αγ. Παρασκευής στο Σκαμνέλι (1697)
8. Ι. Μ. Γέννησης Θεοτόκου στους Ασπραγγέλους (1470)
9. Ι. Μ. Ευαγγελίστριας στα ʼνω Πεδινά (1793)
10. Ι. Μ. Κοίμησης Θεοτόκου στο Μακρίνο (1700)
11. Ι. Μ. Αγ. Τριάδας στο Βρυσοχώρι (1667)
12. Ι. Μ. Αγ. Τριάδας Παλαιοχωρίου στη Λάϊστα (1800)
13. Ι. Μ. Αγ. Νικολάου στους Φραγγάδες (1578)
14. Τρισυπόστατος I. Ναός. Αγ. Τριάδας – Αγ. Δημητρίου και Αγ. Γεωργίου στους Νεγάδες (1795)
15. Ι. Ναός Κοιμήσεως της Θεοτόκου Κουκούλι (1630)
16. Ι. Ναός Αγ. Νικολάου Τσεπέλοβο (1708)
17. Ι.Ναός Αγ. Μηνά Μονοδένδρι (1620)
18. Ι. Ναός Αγ. Νικολάου Βίτσα (1612)
19. Ι. Ναός Αγ. Δημητρίου Γρεβενίτι (1668)
20. Ι. Ναός Κοιμήσεως της Θεοτόκου Ελαφότοπος (1608)
21. Ι. Ναός Αγ. Βλασίου Μ. Πάπιγκο (1852)
22. Ι. Ναός Αγ. Δημητρίου Φραγγάδες (1779)
Περιοχή Κόνιτσας
23. Ι. Μ. Αγίων Αναργύρων στο φαράγγι του Βοϊδομάτη (Κλειδωνιά, 1658)
24. Ι. Μ. Αγίων Αποστόλων στο παλιό οικισμό της Κλειδωνιάς (Κλειδωνιά, 1662)
25. Ι. Μ. Παναγιάς Στομίου στη χαράδρα του Αώου (Κόνιτσα, 1774)
26. Ι. Μ. Οσίου Νικάνορα (Νικάνορας, 1816)
27. Ι. Μ. Εισοδίων Θεοτόκου στο Μοναστήρι (1672)
28. Μητροπολιτικός Ναός Αγίου Νικολάου (Κόνιτσα, 1842)
29. Ι. Ν. Αγ. Παρασκευής (Παλαιοσέλι, 1864)
30. Ι. Ν. Αγ. Γεωργίου (Πηγή)
Περιοχή Μετσόβου
31. Ι. Μ. Κοίμησης Θεοτόκου στη Χρυσοβίτσα (1680-1716)
32. Ι. Μ. Παναγίας στο Μέτσοβο (17ος – 18ος αιώνας)
33. Ι.Μ. Αγ. Νικολάου στο Μέτσοβο (1700)
Περιοχή Γρεβενών
34. Ι. Μ. Αγ. Παρασκευής στο Σαμαρινιώτικο ρέμα (Σαμαρίνα, 1713)
35. Ι. Ν. Μεγάλης Παναγιάς στη Σαμαρίνα (1812)
36. Ι. Μ. Κοίμησης Θεοτόκου στο Σπήλαιο (1633)
37. Ι. Ν. Αγ. Νικολάου μεταξύ των οικισμών Ζιάκα και Περιβόλι (1803)
38. Ι. Ν. Αγ. Θεοδώρων μεταξύ των οικισμών Πολυνέρι και Αλατόπετρα
39. Ι. Ν. Αγ. Γεωργίου στο Περιβόλι
40. Ι. Μ. Αγ. Αθανασίου Γόργιανης μεταξύ των οικισμών Κηπουρειού και Κρανιάς
